番茄根部常见病害有根结线虫病、枯萎病、青枯病等。
根结线虫病：及时清理病残体，合理轮作倒茬。育苗时使用阿维菌素、乐斯苯等进行消毒。
枯萎病：选择抗病能力强的品种，播前对种子消毒，大棚内的土壤采用高温消毒。加强水肥管理，发病时使用多菌灵溶液灌根。
青枯病：合理轮作，采用高畦栽培，加强水肥管理。发病后，使用络氨铜、可杀得、农用链霉素进行防治。
一、番茄根结线虫病
1、 发病症状
（1）该病主要发生在番茄的须根及侧根上，发病严重的植株生长矮小，甚至早衰枯死。
（2）番茄染根结线虫病后，根系发育不良，主根和侧根萎缩、畸形，上面形成大小不等的瘤状物，即虫瘿，呈白色串状。
（3）剖开虫瘿，可见其中藏有非常多黄白色卵圆形雌线虫。地上部植株生长缓慢，僵老直立，叶缘发黄或枯焦。严重的停止生长，后枯死。
2、 防治措施
（1）彻底清理病根，集中处理。不论是露地还是保护地均应在番茄一次收获后，立刻清理土壤中的病残体，以减少田间病原；合理轮作。
（2）轮作换茬可显着减少土壤中的线虫数量。如与葱、蒜类作物轮作；高温灭杀线虫。利用夏季高温季节，亩施碳酸氢铵500公斤，然后深翻、起垄、灌水，覆白色地膜，保持40天左右，可有效杀灭各虫态的线虫；无病土育苗或苗床。
（3）育苗时用新土育苗或每平方米苗床用3公斤1.8%阿维菌素2000倍液喷洒，拌匀后装营养钵育苗；定植前土壤消毒处理，每亩用1.8%阿维菌素1000毫升，乐斯苯500毫升加水喷洒地面后立即翻土定植。
（4）也可用0.5%阿维菌素颗粒剂3-4公斤，定植时穴施。生长期间，田间病株可用1.8%阿维菌素乳油4000-6000倍液根部穴浇，每株浇100-200毫升。
二、番茄枯萎病
1、发病症状
（1）番茄枯萎蔫病多在现蕾后发生，下部叶子发黄，植株萎焉，进而死亡干枯。根部变暗褐色，茎心变褐色。潮湿时茎基部长一层粉红色霉。
（2）经常见到番茄植株半边得病，半边不得病。枯萎病与青枯病都是萎焉型病害。茎心变褐，但青枯病死后青绿，茎心能挤出脓液。而枯萎病病株死后变黄枯焦，茎内没有脓液，茎基常长粉红色霉。
（3）病菌常在土壤、种子、粪肥里过冬，次年条件适宜，经伤口和根毛尖侵入植株体内，借助根部吸收的水分，病菌大量繁殖，堵住植株体内的液体，引起萎焉。
（4）通常土质粘重，有机肥不足，多年连茬，线虫为害，发病较重。发病适温度24℃-30℃。
2、防治措施
（1）防治番茄枯萎病应选播适宜本地的抗病品种，播种抗病品种。
（2）播前用55℃温水浸种10分钟，冷却，晾干或催芽播种；苗床地2-3年换一次，老苗床按每平方米撒50%多菌灵可湿性粉剂8克进行消毒；强调轮作。每隔3-5年再种番茄，可减少病菌积累，减轻为害。
（3）番茄拉秧后，地面病株残体，每亩撒石灰粉50-100公斤，再盖碎稻草500-1000公斤，深翻做高畦，灌水铺膜，封闭大棚15-20天，使20厘米土层内，温度保持在45℃以上，可杀死枯萎病菌。
（4）番茄栽培中，不能用过冷或大水灌溉，没腐熟的有机肥和粪稀不可入田。中耕松土，降低土壤湿度，提高地温。
（5）当有零星病株出现时，用50%多菌灵可湿性粉剂1：500倍液灌根，每株灌药液0.25-0.5公斤，7-10天灌一次。连续2-3次。
三、青枯病
1、发病症状
（1）番茄青枯病一般在植株开花坐果时发生，先是顶端叶片萎蔫下垂，接着下部叶片萎蔫，中部叶片萎蔫，也有一侧叶片或整株叶片同时萎蔫的。
（2）发病初期，病株白天萎蔫，傍晚恢复，病程进展迅速，重病株7-8天即枯死。病菌在10℃-40℃温度条件下均可发育，适温度为30℃-37℃，在微酸性土壤、高温高湿、连作、地势低洼、排水不良、缺钾肥以及根部损伤等条件下，该病容易发生。
2、 防治措施
（1）农业防治。措施与十字花科、瓜类及葱蒜等蔬菜实行3-5年轮作，也可与禾本科作物轮作。采用高畦栽培，避免大水浸灌，田间管理时尽可能减少伤根，增施磷钾肥，及喷施爱多收或磷酸二氢钾等。
（2）化学防治。播种时用0.1%硫酸铜浸种30分钟；定植时，用新植霉素或农用链霉素2000-3000倍液灌穴。发现病株后可用25%络氨铜水剂500倍或53%可杀得干悬剂1000倍液或72%农用链霉素4000倍液灌根，每株浇药液300-500毫升；病原已经发病死亡的番茄植株，不可随便弃置在大棚里，而应该拿出棚外深埋，同时对土壤进行。即在拔除病株部位撒施20%的生石灰水或生石灰粉或草木灰，或在病穴处浇灌2%福尔马林液。
