酵素菌肥料的正确施用方法因作物类型而异。
菜、瓜、豆类：作为基肥使用，用量为60-100公斤/亩。
水稻：作为基肥使用，用量为50-70公斤/亩，插秧后经过3-5天再亩施4-6公斤尿素，间隔5天后再次亩施5-6公斤尿素。插秧45天后，追施7-8公斤钾肥。
果树类：对于新栽的果树，使用量为1公斤/株。1-3年生的果树，使用量为4-8公斤/株。
一、酵素菌肥料如何正确施用
１、菜、瓜、豆类：
根据作物品种及地力的不同，每亩施基肥60-100公斤。
２、水稻：
根据品种、地力的不同，每亩施基肥50-70公斤，插秧后3-5天每亩施尿素4-6公斤，隔5天再施尿素5-6公斤（使水稻在15天内每株达到十支以上的有效分蘖），插后45天每亩加追钾肥7-8公斤。
３、果树类：
果树新种时，每棵施基肥1公斤；一至三年树龄每棵每年施肥4-8公斤；四年以上树龄，可适当增加施肥量，并分三次施用，摘果后为次，施肥量占60％，余下的40％两次施用。在开花结果时，再加适量钾肥混合施用；施肥方式同前。
４、其他粮食作物、块茎作物、油糖作物、茶树花木等，均可参照上述三项作物的施肥方法，灵活进行施基肥和追肥。
二、农民自制酵素菌肥
1、自制1吨酵素菌肥需要玉米秸（稻草、豆秸）300kg、鸡粪200kg、稻壳100kg、锯末100kg、 净土300kg、酵素3号1kg、尿素2.5kg、水200kg。
2、制作时间通常选择在5-9月份之间进行，过早或过晚都会由于温度而影响到酵素菌肥的效果。
