1、幼苗带菌：引苗时，幼苗带有病菌，从而导致幼苗移栽后死棵。
2、土壤盐害：农家肥未完全腐熟、氮肥使用过度、土壤盐渍严重等均可能导致辣椒移栽后死棵。
3、多年连作：多年连作，导致土壤中的病菌以及虫卵积累严重，从而导致幼苗移栽后死棵。
4、浇水过多：苗期浇水过多，导致幼苗沤根、死棵。
5、虫害：地下害虫侵袭，导致幼苗根系受损，病菌趁机侵染幼苗。
一、辣椒移栽后死棵的原因
1、幼苗带菌
辣椒本身根系较浅，不同于番茄和黄瓜的根系，所以在育苗时应该以养根为主，如果苗床没有做好消毒工作，那么苗期就会出现旺长现象。如果在引苗时带病菌，辣椒幼苗成活率必然非常低，所以在引苗时不可只看品，还需观察幼苗发育情况。
2、土壤盐害
农户长期使用化肥，造成有机质含量过低，土壤透气性较差，而土壤板结也是造成辣椒苗期成活率低的原因之一。而有些农户使用的农家肥未完全腐熟就施入，或者是过量使用氮肥，土壤盐渍程度严重，造成幼苗成活率低。
3、多年连作
多年连作造成土壤中的病原菌和虫卵累积严重，这些地块时很不利于辣椒生长的，而如果和非十字花科的蔬菜实行三年以上的轮作，那么成活率会大大的提高。
4、浇水过大
在辣椒苗期通常不要采取大水漫灌，应该小水勤浇，高垄栽培，浇水过多会造成土壤湿度过低，尤其是低垄走，极易出现缺氧沤根现象，造成辣椒烂根。
5、虫害
一般用农家肥的地块虫害都比较养殖，地下害虫会对辣椒幼苗直接造成伤口，加强病菌的侵染，从而造成辣椒死棵。
二、辣椒移栽后死棵的防治方式
1、首先是要引进无菌苗，尤其是要从正规育苗单位引苗。
2、二是要在以前用微生物菌剂进行蘸根或者灌根，对于已经出现萎焉症状的幼苗及时用药剂灌根。
3、而对于已经出现根腐现象，根部呈深褐色，首先要用多菌灵、恶霉灵进行灌根产量，之后再用复合微生物肥料进行灌根，这样可以大大的提高辣椒幼苗的成活率。
4、对于地下虫害，可以用阿维菌素有机肥作冲肥，也可以用阿维菌素灌根，禁止使用剧毒农药。
